Od października 2017 r. do marca 2019 r. poznański Wydział Postępowań Kontrolnych Centralnego Biura Antykorupcyjnego prowadził analizę ewentualnych nieprawidłowości związanych z gospodarowaniem pieniędzmi PKS Zielona Góra Sp. z o.o.
Kontrolerzy CBA analizie poddali m.in. umowę zlecenia z czerwca 2013 r. Dotyczyła ona naprawy autobusów PKS. Uwagę kontrolujących zwrócił sposób rozliczania napraw, w formie ryczałtowej i uzależniony od długości naprawianych autobusów. We wcześniej zawieranych umowach na analogiczne usługi wynagrodzenie obliczane było zawsze w oparciu o ilość przepracowanych godzin, zgodnie z obowiązującym cennikiem, przyjętym uchwałą zarządu spółki oraz zawierało koszty materiałów użytych do napraw pojazdu. Analiza dokumentacji wewnętrznej wykazała, że w wyniku zawarcia przez prezesa PKS tej umowy spółka PKS Zielona Góra poniosła straty w kwocie ponad 400 tys. zł.
CBA analizowało także umowę zawartą pomiędzy PKS Zielona Góra Sp. z o.o. a Zarządem Transportu Miejskiego w Lublinie. Umowa na usługi komunikacji miejskiej na terenie miasta Lublin doprowadziła do strat w zielonogórskim PKS na ponad 2,5 mln złotych. Na tę kwotę złożyły się nieprawidłowe ustalenie rzeczywistych kosztów dzierżawy autobusów niezbędnych do realizacji kontraktu oraz koszty ich dostosowania (modernizacji) do wymogów stawianych przez lubelską spółkę, a także brak zaplecza technicznego i kadry kierowców. Znaczną jej część stanowiły kary umowne za niepunktualne przyjazdy i nieprawidłową obsługę realizowanych kursów.
Po zakończeniu analizy w spółce poznańskie CBA złożyło zawiadomienie do Prokuratury Rejonowej w Zielonej Górze, a ta wszczęła śledztwo w sprawie nadużycia udzielonych uprawnień lub niedopełnienia obowiązków przez zarząd spółki PKS Zielona Góra Sp. z o.o.
